Indicaties voor whole genome sequencing

Bijlage bij de Handreiking maatregelen bij clusters en lokale verheffingen van COVID-19 | Versie 30 juli 2021(versiebeheer zie onderaan pagina)

Onderstaande geeft een samenvatting van de indicaties voor sequencen van SARS-CoV-2 monsters zoals eerder gecommuniceerd via (Lab)Inf@ct.

1. Sequencen in het kader van kiemsurveillance

In de nationale kiemsurveillance worden de in Nederland circulerende variaties in SARS-CoV-2 gemonitord en in kaart gebracht. Deze monitoring is gebaseerd op het wekelijks analyseren van een representatieve steekproef onder SARS-CoV-2-positieve casussen door middel van sequencing. Via de kiemsurveillance wordt de verspreiding en toename van circulatie van VOC-varianten gevolgd, alsmede de aanwezigheid van andere variaties in bijvoorbeeld het spike-eiwit die effect kunnen hebben op besmettelijkheid of immuniteit. Resultaten van sequentieanalyse worden door modelleurs van het RIVM gebruikt om input te geven aan beleidsadviezen. Op de RIVM-website staat een overzicht van de in Nederland gevonden varianten. De informatie wordt wekelijks geüpdatet. In het kader van de kiemsurveillance worden ook (een deel van) de PCR-positief geteste monsters van de in Osiris gemelde herinfecties en infecties na vaccinatie actief door het RIVM opgevraagd voor sequencen. De GGD hoeft deze monsters daarom niet actief in te sturen, tenzij er sprake is van bijzondere casuïstiek of meerdere herinfecties of infecties na vaccinatie in een cluster. Op deze manier wordt een beter zicht verkregen op welke virusvarianten bij deze infecties een rol spelen.

2. Sequencen bij bijzondere SARS-CoV-2-casuïstiek

Bij bijzondere SARS-CoV-2-casuïstiek kan sequencen aanvullend aan de kiemsurveillance ingezet worden om te onderzoeken of varianten een rol spelen. Te denken valt hierbij aan casussen met een ongewoon ziektebeeld/ziekteverloop, verdenkingen van herinfectie of (her)infectie na vaccinatie met een afwijkend ziekteverloop, infecties in immuungecompromitteerden, en infecties waarbij een mogelijk dierreservoir een rol speelt (bijvoorbeeld nertsenhouders). Voor indicaties kan overlegd worden met het lokale laboratorium, het Erasmus MC of het RIVM (LCI en/of IDS).

3. Sequencen vanuit het BCO

In het BCO door de GGD kunnen casussen naar voren komen waarbij sequencen van belang is, zoals een persoon met een reishistorie naar een land waar een bijzondere variant circuleert en/of positieve contacten van een casus geïnfecteerd met een bijzondere variant. Het LCI zal GGD’en via (Lab)Inf@ct informeren als sequencen van mensen met een reishistorie van belang is.

4. Sequencen in cluster- en uitbraakonderzoek

Bij clusters en uitbraken met een ongewoon verloop (bijvoorbeeld: snelle verspreiding, nieuwe setting, ander ziektebeeld, moeilijk onder controle te krijgen) kan informatie over de genetische opmaak van de betrokken SARS-CoV-2-variant(en) aanvullend inzicht geven dat gebruikt kan worden voor de bestrijding. Sequencen is alleen van meerwaarde als er ook een gedegen epidemiologisch onderzoek gedaan kan worden door de GGD. In het geval van veel positieve monsters kan overwogen worden om slechts een deel van de monsters te sequencen. Voor indicatie en overleg over aantallen in te sturen monsters kan contact opgenomen worden met het RIVM (LCI en/of IDS), het Erasmus MC of het lokale laboratorium. Hierbij worden need-to-know (zorg en bestrijding) en nice-to-know (onderzoek) van elkaar onderscheiden. De GGD informeert altijd de LCI als sequencen wordt ingezet.

5. Sequencen n.a.v. epidemiologische signalen

Sequencen is een van de tools die gebruikt worden om de SARS-CoV-2-situatie in Nederland en elders te monitoren. Indien uit andere routine surveillanceactiviteiten signalen komen van ongewone situaties, kan sequencen ingezet worden. Een voorbeeld hiervan is een ongewone toename in gevallen/ziekenhuisopnames/IC-opnames in een bepaalde regio. Vaak zal een representatieve steekproef van de positieve monsters voldoende zijn. Vooraf overleg met het RIVM (LCI) om de indicatie te bespreken en de grootte van de steekproef te bepalen is noodzakelijk.

Werkwijze van sequencen

  • Insturen van individuele monsters en bijbehorende gegevens: GGD neemt direct contact op met IDS, Erasmus MC of het lokale laboratorium.
  • De GGD informeert de LCI over de vastgestelde varianten:
    • indien ze nog niet veel in Nederland zijn vastgesteld;
    • indien ze in clusters voorkomen;
    • indien ze in een setting met kwetsbaren worden vastgesteld;
    • bij bijzondere casuïstiek.
  • Als monsters worden ingestuurd in het kader van clusteronderzoek informeert de GGD altijd het LCI telefonisch of via lci.voorwacht@rivm.nl o.v.v. uitbraakonderzoek met sequencen.
  • De aanvragende GGD ontvangt van RIVM-IDS of het Erasmus MC een terugrapportage over de sequenceresultaten in het kader van clusters. De resultaten van sequencing worden niet automatisch gedeeld met LCI door de verschillende laboratoria. We verzoeken de GGD de conclusies met de LCI te delen als input voor eventuele aanpassing van landelijk beleid. Er kan hiervoor gebruik gemaakt worden van het standaard COVID-19 casusrapport.
  • Als een GGD sequencen wil gaan inzetten n.a.v. epidemiologische signalen is vooraf overleggen met het RIVM/LCI noodzakelijk.
     

Het lokale laboratorium dat het monster instuurt, ontvangt de sequenceresultaten van individuele monsters vanuit het RIVM-IDS of het Erasmus MC. Als er een variant gevonden wordt, geeft het lokale laboratorium de uitslag altijd door aan de GGD. Dit geldt zowel voor monsters vanuit de kiemsurveillance als voor materiaal dat om een andere reden is ingestuurd. De doorlooptijd tussen insturen van de samples en het ontvangen van de uitslag is afhankelijk van verschillende factoren, kan per laboratorium verschillen, en neemt doorgaans enkele dagen in beslag.

Insturen naar IDS/RIVM

Het RIVM vraagt de GGD’en, ziekenhuizen of andere zorginstellingen bij het insturen van monsters naar IDS gebruik te maken van 1 van de 2 bijgesloten labformulieren, waardoor direct duidelijk is bij welke categorie een monster hoort en welke terugkoppeling daar op welke termijn voor gewenst is. Wij verzoeken u de formulieren zo compleet mogelijk in te vullen voor zover informatie beschikbaar is. Vermeld daarbij alle informatie op het formulier en slechts minimaal in de begeleidende e-mail. Graag een print van het formulier meesturen met de zending van de monsters en het digitale bestand mailen naar kiemsurveillance@rivm.nl met lci.voorwacht@rivm.nl in de cc.

Insturen naar Erasmus MC

Instructies voor het insturen van monsters naar het Erasmus MC vindt u op het labformulier (zie onder Praktisch/SARS-CoV-2 sequencing).

Contactgegevens

  • RIVM-LCI: tel. 030-274 7000 (ook buiten kantooruren bereikbaar)
  • RIVM dd. viroloog: tel. 030-274 8558 (ook buiten kantooruren bereikbaar)
  • RIVM dd. arts-microbioloog: 030-274 3487 (ook buiten kantooruren bereikbaar)
  • Erasmus MC, dd. viroloog unit Klinische Virologie afdeling Viroscience: tel. 010-703 3431 (buiten kantooruren: 010-704 0704)
     

Versiebeheer

  • 30-07-2021: Eerste versie