Indicaties voor whole genome sequencing

Bijlage bij de Handreiking maatregelen bij clusters en lokale verheffingen van COVID-19 | Versie 21 december 2022 (versiebeheer zie onderaan pagina)

Onderstaande geeft een samenvatting van de indicaties voor het sequencen van SARS‑CoV‑2‑monsters zoals eerder is gecommuniceerd via (Lab)inf@ct, inclusief updates.

1. Sequencen in het kader van kiemsurveillance

In de nationale kiemsurveillance worden de in Nederland circulerende variaties in SARS-CoV-2 gemonitord en in kaart gebracht. Deze monitoring is gebaseerd op het wekelijks analyseren van een representatieve steekproef onder SARS-CoV-2-positieve casussen door middel van sequencing. Via de kiemsurveillance wordt de verspreiding en toename van de circulatie van VOC-varianten gevolgd, alsmede de aanwezigheid van andere variaties in bijvoorbeeld het spike-eiwit die effect kunnen hebben op besmettelijkheid of immuniteit. Resultaten van sequentieanalyse worden door modelleurs van het RIVM gebruikt om input te geven aan beleidsadviezen. Op de RIVM-website staat een overzicht van de in Nederland gevonden varianten. De informatie wordt wekelijks geüpdatet. Sequentieanalyses worden uitgevoerd door het RIVM in samenwerking met een netwerk van laboratoria in Nederland, het SeqNeth-SARS2-netwerk. Dit netwerk is in maart 2021 in opdracht van VWS opgericht door het RIVM. De kiemsurveillance bevat veel PCR-positief geteste monsters horend bij herinfecties en infecties na vaccinatie. De GGD hoeft deze monsters daarom niet actief in te sturen, tenzij er sprake is van bijzondere casuïstiek, meerdere herinfecties of infecties na vaccinatie in een cluster. In dat geval kan in overleg met RIVM LCI of IDS bepaald worden of sequentie analyse van toegevoegde waarde is.

2. Sequencen bij bijzondere SARS-CoV-2-casuïstiek

Bij bijzondere SARS-CoV-2-casuïstiek kan sequencen aanvullend aan de kiemsurveillance ingezet worden om te onderzoeken of varianten een rol spelen. Te denken valt hierbij aan casussen met een ongewoon ziektebeeld/ziekteverloop, met een afwijkend ziekteverloop, en infecties waarbij een mogelijk dierreservoir een rol speelt (bijvoorbeeld nertsenhouders). Samples kunnen worden ingestuurd naar lokale laboratoria aangesloten bij SeqNeth, het RIVM (IDS) of Erasmus MC (mede-referentielab) en bij twijfel over de indicatie kan overlegd worden met het RIVM (LCI en/of IDS).

3. Sequencen vanuit het BCO

In het BCO door de GGD kunnen casus naar voren komen waarbij sequencen van belang is, zoals een persoon met een reishistorie naar een land waar een bijzondere variant circuleert en/of positieve contacten van een casus geïnfecteerd met een bijzondere variant. De LCI zal GGD’en via Inf@ct informeren als sequencen van mensen met een reishistorie van belang is.

4. Sequencen in cluster- en uitbraakonderzoek

Bij clusters en uitbraken met een ongewoon verloop (bijvoorbeeld: snelle verspreiding, nieuwe setting, ander ziektebeeld of moeilijk onder controle te krijgen) kan informatie over de genetische opmaak van de betrokken SARS-CoV-2-variant(en) aanvullend inzicht geven dat gebruikt kan worden voor de bestrijding. Sequencen is alleen van meerwaarde als er ook een gedegen epidemiologisch onderzoek gedaan kan worden door de GGD. Door sequentiedata te combineren met data over ernst van ziekte kan een indicatie verkregen worden over het ziekmakend vermogen van een variant. Met name in zorginstellingen en ziekenhuizen kan dit bijdragen aan het verkrijgen van inzicht in de mogelijke impact van varianten. Wanneer is vastgesteld dat er een cluster is van een nieuwe variant kan er in verpleeghuizen ook een indicatie verkregen worden van de ‘secondary attack rate’ van een nieuwe variant. In het geval van veel positieve monsters kan overwogen worden om slechts een deel van de monsters te sequencen. Hierbij worden need-to-know (zorg en bestrijding) en nice-to-know (onderzoek) van elkaar onderscheiden. De GGD informeert altijd de LCI als sequencen wordt ingezet. Via de (Lab)Inf@ct worden GGD’en en laboratoria geïnformeerd wanneer deze additionele analyses meerwaarde hebben. GGD’en kunnen voor advies ook contact opnemen met het RIVM.

5. Sequencen n.a.v. epidemiologische signalen

Sequencen is één van de tools die gebruikt wordt om de SARS-CoV-2-situatie in Nederland en elders te monitoren. Indien uit andere routine-surveillanceactiviteiten signalen komen van ongewone situaties, kan sequencen ingezet worden. Een voorbeeld hiervan is een ongewone toename in gevallen/ziekenhuisopnames/IC-opnames in een bepaalde regio. Vaak zal een representatieve steekproef van de positieve monsters voldoende zijn. Vooraf overleg met het RIVM/LCI om de indicatie te bespreken en de grootte van de steekproef te bepalen is noodzakelijk.

Werkwijze van sequencen

Insturen van individuele monsters en bijbehorende gegevens: GGD neemt direct contact op met IDS, het Erasmus MC of het lokale laboratorium dat aangesloten is bij SeqNeth-SARS2.
De GGD informeert de LCI over de vastgestelde varianten indien deze: nog niet veel in Nederland zijn vastgesteld, in clusters voorkomen, in een setting met kwetsbaren worden vastgesteld en bij bijzondere casuïstiek.
Als monsters worden ingestuurd in het kader van clusteronderzoek informeert de GGD altijd de LCI telefonisch of via lci.voorwacht@rivm.nl o.v.v. uitbraakonderzoek met sequencen.
De aanvragende GGD ontvangt een terugrapportage over de sequence-resultaten in het kader van clusters van RIVM-IDS, Erasmus MC of een van de andere sequencende laboratoria van SeqNeth-SARS2. De resultaten van sequencing worden niet automatisch gedeeld met LCI door de verschillende laboratoria. We verzoeken de GGD de conclusies met de LCI te delen als input voor eventuele aanpassing van landelijk beleid. Er kan hiervoor gebruik gemaakt worden van het standaard COVID-19 casusrapport.
Als een GGD sequencen wil gaan inzetten n.a.v. epidemiologische signalen is vooraf overleggen met het RIVM/LCI noodzakelijk.

Het lokale laboratorium dat het monster instuurt, ontvangt de sequenceresultaten van individuele monsters vanuit het RIVM-IDS. Als er een nieuwe zorgwekkende variant gevonden wordt, geeft het lokale laboratorium de uitslag altijd door aan de GGD. Dit geldt zowel voor monsters vanuit de kiemsurveillance als voor materiaal dat om een andere reden is ingestuurd. De doorlooptijd tussen insturen van de samples en het ontvangen van de uitslag is afhankelijk van verschillende factoren, kan per laboratorium verschillen en neemt doorgaans enkele dagen in beslag.

Insturen naar IDS/RIVM

Het RIVM vraagt de GGD’en, ziekenhuizen of andere zorginstellingen bij het insturen van monsters naar IDS gebruik te maken van één van de twee bijgesloten labformulieren, waardoor direct duidelijk is bij welke categorie een monster hoort en welke terugkoppeling daar op welke termijn voor gewenst is. Wij verzoeken u de formulieren zo compleet mogelijk in te vullen voor zover informatie beschikbaar is. Vermeld daarbij alle informatie op het formulier en slechts minimaal in de begeleidende e-mail. Graag een print van het formulier meesturen met de zending van de monsters en het digitale bestand mailen naar kiemsurveillance@rivm.nl met lci.voorwacht@rivm.nl in de CC.

Insturen naar Erasmus MC

Instructies voor het insturen van monsters naar het Erasmus MC vindt u op het labformulier (zie onder Praktisch/SARS-CoV-2 sequencing).

Insturen naar SeqNeth-SARS2-partner

GGD’en die afspraken hebben over sequentieanalyses met een lokaal laboratorium sturen monsters, conform afspraken, in naar dat laboratorium.

Contactgegevens

RIVM-LCI: tel. 088-6897000 (ook buiten kantooruren bereikbaar)
RIVM dd. viroloog: tel. 088-6897138 (ook buiten kantooruren bereikbaar)
RIVM dd. arts-microbioloog: tel. 088-6897130 (ook buiten kantooruren bereikbaar)
Erasmus MC, dd. viroloog unit Klinische Virologie afdeling Viroscience: tel. 010-7033431 (buiten kantooruren: 010-7040704)

Versiebeheer

21-12-2022: Herziene versie.
15-07-2022: Update 2. Sequencen bij bijzondere SARS-CoV-2-casuïstiek: herinfectie weggehaald.
30-07-2021: Eerste versie.